杜畿字伯侯，京兆杜陵人也。少孤，继母苦之，以孝闻。年二十，为郡功曹，守郑县令。县囚系数百人，畿亲临狱，裁其轻重，尽决遣之，虽未悉当，郡中奇其年少而有大意也。举孝廉，除汉中府丞。会天下乱，遂弃官客荆州，建安中乃还。荀彧进之太祖，太祖以畿为司空司直，迁护羌校尉，使持节，领西平太守。

　　太祖既定河北，而高幹举并州反。时河东太守王邑被徵，河东人卫固、范先外以请邑为名，而内实与幹通谋。太祖谓荀彧曰：“关西诸将，恃险与马，征必为乱。张晟寇殽、渑间，南通刘表，固等因之，吾恐其为害深。河东被山带河，四邻多变，当今天下之要地也。君为我举萧何、寇恂以镇之。”彧曰：“杜畿其人也。”於是追拜畿为河东太守。固等使兵数千人绝陕津，畿至不得渡。

　　太祖遣夏侯惇讨之，未至。或谓畿曰：“宜须大兵。”畿曰：“河东有三万户，非皆欲为乱也。今兵迫之急，欲为善者无主，必惧而听於固。固等势专，必以死战。讨之不胜，四邻应之，天下之变未息也；讨之而胜，是残一郡之民也。且固等未显绝王命，外以请故君为名，必不害新君。吾单车直往，出其不意。固为人多计而无断，必伪受吾。吾得居郡一月，以计縻之，足矣。”遂诡道从郖津度。范先欲杀畿以威众。且观畿去就，於门下斩杀主簿已下三十馀人，畿举动自若。於是固曰：“杀之无损，徒有恶名；且制之在我。”遂奉之。畿谓卫固、范先曰：“卫、范，河东之望也，吾仰成而已。然君臣有定义，成败同之，大事当共平议。”以固为都督，行丞事，领功曹；将校吏兵三千馀人，皆范先督之。固等喜，虽阳事畿，不以为意。固欲大发兵，畿患之，说固曰：“夫欲为非常之事，不可动众心。今大发兵，众必扰，不如徐以赀募兵。”固以为然，从之，遂为赀调发，数十日乃定，诸将贪多应募而少遣兵。又入喻固等曰：“人情顾家，诸将掾吏，可分遣休息，急缓召之不难。”固等恶逆众心，又从之。於是善人在外，阴为己援；恶人分散，各还其家，则众离矣。会白骑攻东垣，高幹入濩泽，上党诸县杀长吏，弘农执郡守，固等密调兵未至。畿知诸县附己，因出，单将数十骑，赴张辟拒守，吏民多举城助畿者，比数十日，得四千馀人。固等与幹、晟共攻畿，不下，略诸县，无所得。会大兵至，幹、晟败，固等伏诛，其馀党与皆赦之，使复其居业。

　　是时天下郡县皆残破，河东最先定，少耗减。畿治之，崇宽惠，与民无为。民尝辞讼，有相告者，畿亲见为陈大义，遣令归谛思之，若意有所不尽，更来诣府。乡邑父老自相责怒曰：“有君如此，奈何不从其教？”自是少有辞讼。班下属县，举孝子、贞妇、顺孙，复其繇役，随时慰勉之。渐课民畜牸牛、草马，下逮鸡豚犬豕，皆有章程。百姓勤农，家家丰实。畿乃曰：“民富矣，不可不教也。”於是冬月修戎讲武，又开学宫，亲自执经教授，郡中化之。

　　韩遂、马超之叛也，弘农、冯翊多举县邑以应之。河东虽与贼接，民无异心。太祖西征至蒲阪，与贼夹渭为军，军食一仰河东。及贼破，馀畜二十馀万斛。太祖下令曰：“河东太守杜畿，孔子所谓‘禹，吾无间然矣’。增秩中二千石。”太祖征汉中，遣五千人运，运者自率勉曰：“人生有一死，不可负我府君。”终无一人逃亡，其得人心如此。魏国既建，以畿为尚书。事平，更有令曰：“昔萧何定关中，寇恂平河内，卿有其功，间将授卿以纳言之职；顾念河东吾股肱郡，充实之所，足以制天下，故且烦卿卧镇之。”畿在河东十六年，常为天下最。

　　文帝即王位，赐爵关内侯。徵为尚书。及践阼，进封丰乐亭侯。邑百户，守司隶校尉。帝征吴，以畿为尚书仆射，统留事。其后帝幸许昌，畿复居守。受诏作御楼船，於陶河试船，遇风没。帝为之流涕。诏曰：“昔冥勤其官而水死，稷勤百谷而山死。故尚书仆射杜畿，於孟津试船，遂至覆没，忠之至也。朕甚愍焉。”追赠太仆，谥曰戴侯。子恕嗣。