简文皇帝讳昱，字道万，元帝之少子也。幼而岐嶷，为元帝所爱。郭璞见而谓人曰：“兴晋祚者，必此人也。”及长，清虚寡欲，尤善玄言。永昌元年，元帝诏曰：“先公武王、先考恭王君临琅邪。继世相承，国嗣未立，蒸尝靡主，朕常悼心。子昱仁明有智度，可以虔奉宗庙，以慰罔极之恩。其封昱为琅邪王，食会稽、宣城如旧。”
咸和元年，所生郑夫人薨。帝时年七岁，号慕泣血，固请服重。成帝哀而许之，故徙封会稽王，拜散骑常侍。九年，迁右将军，加侍中。咸康六年，进抚军将军，领秘书监。建元元年夏五月癸丑，康帝诏曰：“太常职奉天地，兼掌宗庙，其为任也，可谓重矣。是以古今选建，未尝不妙简时望，兼之儒雅。会稽王叔履尚清虚，志道无倦，优游上列，讽议朝肆。其领太常本官如故。”
永和元年，崇德太后临朝，进位抚军大将军、录尚书六条事。二年，骠骑何充卒，崇德太后诏帝专总万机。八年，进位司徒，固让不拜。穆帝始冠，帝稽首归政，不许。废帝即位，以琅邪王绝嗣，复徙封琅邪，而封王子昌明为会稽王。帝固让，故虽封琅邪而不去会稽之号。太和元年，进位丞相、录尚书事，入朝不趋，赞拜不名，剑履上殿，给羽葆鼓吹班剑六十人，又固让。及废帝废，皇太后诏曰：“丞相、录尚书、会稽王体自中宗，明德劭令，英秀玄虚，神栖事外。以具瞻允塞，故阿衡三世。道化宣流，人望攸归，为日已久。宜从天人之心，以统皇极。主者明依旧典，以时施行。”于是大司马桓温率百官进太极前殿，具乘舆法驾，奉迎帝于会稽邸，于朝堂变服，著平巾帻单衣，东向拜受玺绶。
咸安元年冬十一月己酉，即皇帝位。桓温出次中堂，令兵屯卫。乙卯，温奏废太宰、武陵王晞及子总。诏魏郡太守毛安之帅所领宿卫殿内，改元为咸安。庚戌，使兼太尉周颐告于太庙。辛亥，桓温遣弟秘逼新蔡王晃诣西堂，自列与太宰、武陵王晞等谋反。帝对之流涕，温皆收付廷尉。癸丑，杀东海二子及其母。初，帝以冲虚简贵，历宰三世，温素所敬惮。及初即位，温乃撰辞欲自陈述，帝引见，对之悲泣，温惧不能言。至是，有司承其旨，奏诛武陵王晞，帝不许。温固执至于再三，帝手诏报曰：“若晋祚灵长，公便宜奉行前诏。如其大运去矣，请避贤路。”温览之，流汗变色，不复敢言。
乙卯，废晞及其三子，徙于新安。丙辰，放新葵王晁于衡阳。戊午，诏曰：“王室多故，穆哀早世，皇胤夙迁，神器无主。东海王以母弟近属，入纂大统，嗣位经年，昏暗乱常，人伦亏丧，大祸将及，则我祖宗之灵靡知所托。皇太后深惧皇基，时定大计。大司马因顺天人，协同神略，亲帅群后，恭承明命。云雾既除，皇极载清，乃顾朕躬，仰承弘绪。虽伊尹之宁殷朝，博陆之安汉室，无以尚也。朕以寡德，猥居元首，实惧眇然，不克负荷，战战兢兢，罔知攸济。思与兆庶更始，其大赦天下，大酺五日，增文武位二等，孝顺忠贞鳏寡孤独米人五斛。”己未，赐温军三万人，人布一匹，米一斛。庚申，加大司马桓温为丞相，不受。辛酉，温旋自白石，因镇姑孰。以冠军将军毛武生都督荆州之沔中、扬州之义城诸军事。
十二月戊子，诏以京都有经年之储，权停一年之运。庚寅，废东海王奕为海西公，食邑四千户。辛卯，初荐酃渌酒于太庙。
二年春正月辛丑，百济、林邑王各遣使贡方物。二月，苻坚伐慕容桓于辽东，灭之。三月丁酉，诏曰：“朕居阿衡三世，不能济彼时雍，乃至海西失德，殆倾皇祚。赖祖宗灵祗之德，皇太后淑体应期，藩辅忠贤，百官戮力，用能荡气务于昊苍，耀晨辉于宇宙。遂以眇身，托于王公之上，思赖群贤，以弼其阙。夫敦本息末，抑绝华竞，使清浊异流，能否殊贯，官无秕政，士无谤讟，不有惩劝，则德礼焉施？且强寇未殄，劳役未息，自非军国戎祀之耍，其华饰烦费之用皆省之。夫肥遁穷谷之贤，滑泥扬波之士，虽抗志玄霄，潜默幽岫，贪屈高尚之道，以隆协赞之美，孰与自足山水，栖迟丘壑，徇匹夫之洁，而忘兼济之大邪？古人不借贤于曩代，朕所以虚想于今日。内外百官，各勤所司，使善无不达，恶无不闻，令诗人元素餐之刺，而吾获虚心之求焉。”
癸丑，诏曰：“吾承祖宗洪基，而昧于政道，惧不能允厘天工，克隆先业，夕惕惟忧，若涉泉冰。赖宰辅忠德，道济伊望，群后竭诚，协契断金，内外尽匡翼之规，文武致匪躬之节，冀因斯道，终克弘济。每念干戈未戢，公私疲悴，藩镇有疆理之务，征戍怀东山之勤，或白首戎阵，忠劳未叙，或行役弥久，担石靡储，何尝不昧旦晨兴，夜分忘寝。虽未能抚而巡之，且欲达其此心。可遣大使诣大司马，并问方伯，逮于边戍，宣诏大飨，求其所安。又筹量赐给，悉令周普。”
乙卯，诏曰：“往事故之后，百度未充，群僚常俸，并皆寡约，盖随时之义也。然退食在朝，而禄不代耕，非经通之制。今资储渐丰，可筹量增俸。”驺虞见豫章。夏四月，徙海西公于吴县西柴里。追贬庾后曰夫人。六月，遣使拜百济王余句为镇东将军，领乐浪太守。戊子，前护军将军庚希举兵反，自海陵入京口，晋陵太守卞眈奔于曲阿。秋七月壬辰，桓温遣东海内史周少孙讨希，擒之，斩于建康市。己未，立会稽王昌明为皇太子，皇子道子为琅邪王，领会稽内史。是日，帝崩于东堂，时年五十三。葬高平陵，庙号太宗。遗诏以桓温辅政，依诸葛亮、王导故事。
帝少有风仪，善容止，留心典籍，不以居处为意，凝尘满席，湛如也。尝与桓温及武陵王晞同载游版桥，温遽令鸣鼓吹角，车驰卒奔，欲观其所为。晞大恐，求下车，而帝安然无惧色，温由此惮服。温既仗文武之任，屡建大功，加以废立，威振内外。帝虽处尊位，拱默守道而已，常惧废黜。先是，荧惑入太微，寻而海西废。及帝登阼，荧惑又入太微，帝甚恶焉。时中书郎郗超在直，帝乃引入，谓曰：“命之修短，本所不计，故当无复近日事邪！”超曰：“大司马臣温方内固社稷，外恢经略，非常之事，臣以百口保之。”及超请急省其父，帝谓之曰：“致意尊公，家国之事，遂至于此！由吾不能以道匡卫，愧叹之深，言何能喻。”因咏庾阐诗云“志士痛朝危，忠臣哀主辱”，遂泣下沾襟。帝虽神识恬畅，而无济世大略，故谢安称为惠帝之流，清谈差胜耳。沙门支道林尝言“会岙有远体而无远神”。谢灵运迹其行事，亦以为赧献之辈云。