元皇帝讳睿，字景文，宣帝曾孙，琅邪恭王觐之子也。咸宁二年生于洛阳，有神光之异，一室尽明，所藉藁如始刈。及长，白豪生于日角之左，隆准龙颜，目有精曜，顾眄炜如也。年十五，嗣位琅邪王。幼有令闻。及惠皇之际，王室多故，帝每恭俭退让，以免于祸。沈敏有度量，不显灼然之迹，故时人未之识焉。惟侍中嵇绍异之，谓人曰：“琅邪王毛骨非常，殆非人臣之相也。”元康二年，拜员外散骑常侍。累迁左将军，从讨成都王颖。荡阴之败也，叔父东安王繇为颖所害。帝惧祸及，将出奔。其夜月正明，而禁卫严警，帝无由得去，甚窘迫。有顷，云雾晦冥，雷雨暴至，徼者皆驰，因得潜出。颖先令诸关无得出贵人，帝既至河阳，为津吏所止。从者宋典后来，以策鞭帝马而笑曰：“舍长！官禁贵人，汝亦被拘邪！”吏乃听过。至洛阳，迎太妃俱归国。东海王越之收兵下邳也，假帝辅国将军。寻加平东将军、监徐州诸军事，镇下邳。俄迁安东将军、都督扬州诸军事。越西迎大驾，留帝居守。
永嘉初，用王导计，始镇建邺，以顾荣为军司马，贺循为参佐，王敦、王导、周顗、刁协并为腹心股肱，宾礼名贤，存问风俗，江东归心焉。属太妃薨于国，自表奔丧，葬毕，还镇，增封宣城郡二万户，加镇东大将军、开府仪同三司。受越命，讨征东将军周馥，走之。及怀帝蒙尘于平阳，司空荀藩等移檄天下，推帝为盟主。江州刺史华轶不从，使豫章内史周广、前江州刺史卫展讨禽之。愍帝即位，加左丞相。岁余，进位丞相、大都督中外诸军事。遣诸将分定江东，斩叛者孙弼于宣城，平杜弢于湘州，承制赦荆扬。及西都不守，帝出师露次，躬擐甲胄，移檄四方，征天下之兵，克日进讨。于时有玉册见于临安，白玉麒麟神玺出于江宁，其文曰“长寿万年”，日有重晕，皆以为中兴之象焉。
建武元年春二月辛巳，平东将军宋哲至，宣愍帝诏曰：“遭运迍否，皇纲不振。朕以寡德，奉承洪绪，不能祈天永命，绍隆中兴，至使凶胡敢帅犬羊，逼迫京辇。朕今幽塞穷城，忧虑万端，恐一旦崩溃。卿指诏丞相，具宣朕意，使摄万机，时据旧都，修复陵庙，以雪大耻。”
三月，帝素服出次，举哀三日。西阳王羕及群僚参佐、州征牧守等上尊号，帝不许。羕等以死固请，至于再三。帝慨然流涕曰：“孤，罪人也，惟有蹈节死义，以雪天下之耻，庶赎鈇钺之诛。吾本琅邪王，诸贤见逼不已！”乃呼私奴命驾，将反国。群臣乃不敢逼，请依魏晋故事为晋王，许之。辛卯，即王位，大赦，改元。其杀祖父母、父母，及刘聪、石勒，不从此令。诸参军拜奉车都尉，掾属驸马都尉。辟掾属百余人，时人谓之“百六掾”。乃备百官，立宗庙社稷于建康。时四方竞上符瑞，帝曰：“孤负四海之责，未能思愆，何徵祥之有？”丙辰，立世子绍为晋王太子。以抚军大将军、西阳王羕为太保，征南大将军、汉安侯王敦为大将军，右将军王导都督中外诸军事、骠骑将军，左长史刁协为尚书左仆射。封王子宣城公裒琅邪王。六月丙寅，司空、并州刺史、广武侯刘琨，幽州刺史、左贤王、渤海公段匹磾，领护乌丸校尉、镇北将军刘翰，单于、广宁公段辰，辽西公段眷，冀州刺史、祝阿子劭续，青州刺史、广饶侯曹嶷，兖州刺史、定襄侯刘演，东夷校尉崔毖，鲜卑大都督慕容廆等一百八十人上书劝进，曰：
臣闻天生蒸民，树之以君，所以对越天地，司牧黎元。圣帝明王监其若此，知天地不可以乏飨，故屈其身以奉之；知蒸黎不可以无主，故不得已而临之。社稷时难，则戚藩定其倾；郊庙或替，则宗哲纂其祀。是以弘振遐风，式固万世，三五以降，靡不由之。伏惟高祖宣皇帝肇基景命，世祖武皇帝遂造区夏，三叶重光，四圣继轨，惠泽侔于有虞，卜世过于周氏。自元康以来，艰难繁兴，永嘉之际，氛厉弥昏，宸极失御，登遐丑裔，国家之危，有若缀旒。赖先后之德、宗庙之灵，皇帝嗣建，旧物克甄。诞授钦明，服膺聪哲，玉质幼彰，金声夙振。冢宰摄其纲，百辟辅其政，四海想中兴之美，群生怀来苏之望。不图天不悔祸，大灾荐臻，国未忘难，寇害寻兴。逆胡刘曜，纵逸西都，敢肆犬羊，陵虐天邑。臣奉表使还，乃承西朝以去年十一月不守，主上幽劫，复沈虏庭，神器流离，再辱荒逆。臣每览史籍，观之前载，厄运之极，古今未有。苟在食土之毛，含血之类，莫不叩心绝气，行号巷哭。况臣等荷宠三世，位厕鼎司，闻问震惶，精爽飞越，且惊且惋，五情无主，举哀朔垂，上下泣血。
臣闻昏明迭用，否泰相济，天命无改，历数有归。或多难以固邦国，或殷忧以启圣明。是以齐有无知之祸，而小白为五伯之长；晋有丽姬之难，而重耳以主诸侯之盟。社稷靡安，必将有以扶其危；黔首几绝，必将有以继其绪。伏惟陛下，玄德通于神明，圣姿合于两仪，应命世之期，绍千载之运。符瑞之表，天人有征；中兴之兆，图谶垂典。自京畿陨丧，九服崩离，天下嚣然，无所归怀，虽有夏之遘夷羿，宗姬之离犬戎，蔑以过之。陛下抚征江左，奄有旧吴，柔服以德，伐叛以刑，抗明威以摄不类，杖大顺以号宇内。纯化既敷，则率土宅心；义风既畅，则遐方企踵。百揆时叙于上，四门穆穆于下。昔少康之隆，夏训以为美谈；宣王中兴，周诗以为休咏。况茂勋格于皇天，清晖光于四海，苍生颙然，莫不欣戴，声教所加，愿为臣妾者哉！且宣皇之胤，惟有陛下，意兆攸归，曾无与二。天祚大晋，必将有主，主晋祀者，非陛下而谁！是以迩无异言，远无异望，讴歌者无不吟讽徽猷，狱讼者无不思于圣德。天地之际既交，华夷之情允洽。一角之兽，连理之木，以为休征者，盖有百数。冠带之伦，要荒之众，不谋同辞者，动以万计。是以臣等敢考天地之心，因函夏之趣，昧死上尊号。愿陛下存舜禹至公之情，狭由巢抗矫之节；以社稷为务，不以小行为先；以黔首为忧，不以克让为事；上尉宗庙乃顾之怀，下释普天倾首之勤。则所谓生繁华于枯荑，育丰肌于朽骨，神人获安，无不幸甚。
臣闻尊位不可久虚，万机不可久旷。虚之一日，则尊位以殆；旷之浃辰，则万机以乱。方今踵百王之季，当阳九之会，狡寇窥窬，伺国瑕隙，黎元波荡，无所系心，安可废而不恤哉？陛下虽欲逡巡，其若宗庙何？其若百姓何？昔者惠公虏秦，晋国震骇，吕去阝之谋，欲立子圉，外以绝敌人之志，内以固阖境之情。故曰“丧君有君，群臣辑睦，好我者劝，恶我者惧。”前事之不忘，后代之元龟也。陛下明并日月，无幽不烛，深谋远猷，出自胸怀。不胜犬马忧国之情，迟睹人神开泰之路，是以陈其乃诚，布之执事。臣等忝于方任，久在遐外，不得陪列阙庭，与睹盛礼，踊跃之怀，南望罔极。
帝优令答之。语在琨传。
石勒将石季龙围谯城，平西将军祖逖击走之。己巳，帝傅檄天下曰：“逆贼石勒，肆虐河朔，逋诛历载，游魂纵逸。复遣凶党石季龙犬羊之众，越河南渡，纵其鸩毒。平西将军祖逖帅众讨击，应时溃散。今遣车骑将军，琅邪王裒等九军，锐卒三万，水陆四道，迳造贼场，受逖节度。有能枭季龙首者。赏绢三千匹，金五十斤，封县侯，食邑二千户。又贼党能枭送季龙首，封赏亦同之。”
七月，散骑侍郎朱嵩、尚书郎顾球卒，帝痛之，将为举哀。有司奏，旧尚书郎不在举哀之例。帝曰：“衰乱之弊，特相痛悼。”于是遂举哀，哭之甚恸。丁未，梁王悝薨。以太尉荀组为司徒。弛山泽之禁。八月甲午，封梁王世子翘为梁王。荆州刺史第五猗为贼帅杜曾所推，遂与曾同反。九月戊寅，王敦使武昌太守赵诱、襄阳太守朱轨、陵江将军黄峻讨猗，为其将杜曾所败，诱等皆死之。石勒害京兆太守华谞。梁州刺史周访讨杜曾，大破之。十月丁未，琅邪王裒薨。十一月甲子，封汝南王子弼为新蔡王。丁卯，以司空刘琨为太尉。置史官，立太学。是岁，扬州大旱。
太兴元年春正月戊申朔，临朝，悬而不乐。三月癸丑，愍帝崩问至，帝斩縗居庐。丙辰，百僚上尊号。令曰：“孤以不德，当厄运之极，臣节未立，匡救未举，夙夜所以忘寝食也。今宗庙废绝，亿兆无系，群官庶尹，咸勉之以大政，亦何敢辞，辄敬从所执。”是日，即皇帝位。诏曰：“昔我高祖宣皇帝，诞应期运，廓开王基。景、文皇帝，奕世重光，缉熙诸夏。爰暨世祖，应天顺时，受兹明命。功格天地，仁济宇宙。昊天不融，降此鞠凶，怀帝短世，越去王都。天祸荐臻，大行皇帝崩殂，社稷无奉。肆群后三司六事之人，畴咨庶尹，至于华戎，致葺大命于朕躬。予一人畏天之威，用弗敢违。遂登坛南狱，受终文祖，焚柴颁瑞，告类上帝。惟朕寡德，缵我洪绪，若涉大川，罔知攸济。惟尔股肱爪牙之佐，文武熊罴之臣，用能弼宁晋室，辅余一人。思与万国，共同休庆。”于是大赦，改元，文武增位二等。
庚午，立王太子绍为皇太子。壬申，诏曰：“昔之为政者，动人以行不以言，应天以实不以文，故我清静而人自正。其次听言观行，明试以功。其有政绩可述，刑狱得中，人无怨讼，久而日新，及当官软弱，茹柔吐刚，行身秽浊，修饰时誉者，各以名闻。令在事之人，仰鉴前烈，同心戮力，深思所以宽众息役，惠益百姓，无废朕命。远近礼贽，一切断之。”
夏四月丁丑朔，日有食之。加大将军王敦江州牧，进骠骑将军王导开府仪同三司。戊寅，初禁招魂葬。乙酉，西平地震。五月癸丑，使持节、侍中、都督、太尉、并州刺史、广武侯刘琨为段匹磾所害。六月，旱，帝亲雩。改丹阳内史为丹阳尹。甲申，以尚书左仆射刁协为尚书令，平南将军、曲陵公荀崧为尚书左仆射。庚寅，以荥阳太守李矩为都督司州诸军事、司州刺史。戊戌，封皇子晞为武陵王。初置谏鼓谤木。
秋七月戊申，诏曰：“王室多故，奸凶肆暴，皇纲驰坠，颠覆大猷。朕以不德，统承洪绪，夙夜忧危，思改其弊。二千石令长当祗奉旧宪，正身明法，抑齐豪强，存恤孤独，隐实户口，劝课农桑。州牧刺史当互相检察，不得顾私亏公。长吏有志在奉公而不见进用者，有贪惏秽浊而以财势自安者，若有不举，当受故纵蔽善之罪，有而不知，当受暗塞之责。各明慎奉行。”刘聪死，其子粲嗣伪位。
八月，冀、徐、青三州蝗。靳准弑刘粲，自号汉王。冬十月癸未，加广州刺史陶侃平南将军。刘曜僣即皇帝位于赤壁。十一月乙卯，日夜出，高三丈，中有赤青珥。新蔡王弼薨。加大将军王敦荆州牧。庚申，诏曰：“朕以寡德，纂承洪绪，上不能调和阴阳，下不能济育群生，灾异屡兴，咎徵仍见。壬子、乙卯，雷震暴雨，盖天灾谴戒，所以彰朕之不德也。群公卿士，其各上封事，具陈得失，无有所讳，将亲览焉。”新作听讼观。故归命侯孙皓子璠谋反，伏诛。
十二月，刘聪故将王腾、马忠等诛靳准，送传国玺于刘曜。武昌地震。丁丑，封显义亭侯焕为琅邪王。己卯，琅邪王焕薨。癸巳，诏曰：“汉高经大梁，美无忌之贤；齐师入鲁，修柳下惠之墓。其吴之高德名贤或未旌录者，具条列以闻。”江东三郡饥，遣使振给之。彭城内史周抚杀沛国内史周默以反。
二年春正月丁卯，崇阳陵毁，帝素服哭三日；使冠军将军梁堪、守太常马龟等修复山陵。迎梓宫于平阳，不克而还。二月，太山太守徐龛斩周抚，传首京师。夏四月，龙骧将军陈川以浚仪叛。降于石勒。太山太守徐龛以郡叛，自号兖州刺史，寇济岱。秦州刺史陈安叛，降于刘曜。五月癸丑，太阳陵毁，帝素服哭三日。徐杨及江西诸郡蝗。吴郡大饥。平北将军祖逖及石勒将石季龙战于浚仪，王师败绩。壬戌，诏曰：“天下凋弊，加以灾荒，百姓困穷，国用并匮，吴郡饥人死者百数。天生蒸黎而树之以君，选建明哲以左右之，当深思以救其弊。昔吴起为楚悼王明法审令，捐不急之官，除废公族疏远，以附益将士，而国富兵强。况今日之弊，百姓凋困邪！且当去非急之务，非军事所须者皆省之。”甲子，梁州刺史访及杜曾战于武当，斩之，禽第五猗。六月丙子，加周访安南将军。罢御府及诸郡丞，置博士员五人。己亥，加太常贺循开府仪同三司。秋七月乙丑，太常贺循卒。
八月，肃慎献楛矢石砮。徐龛寇东莞，遣太子左卫率羊鉴行征虏将军，统徐州刺史蔡豹讨之。冬十月，平北将军祖逖使督护陈超袭石勒将桃豹，超败，没于阵。十一月戊寅，石勒僣即王位，国号赵。十二月乙亥，大赦，诏百官各上封事，并省众役。鲜卑慕容廆袭辽东，东夷校尉、平州刺史崔毖奔高句骊。是岁，南阳王保称晋王于祁山。三吴大饥。
三年春正月丁酉朔，晋王保为刘曜所逼，迁于桑城。二月辛未，石勒将石季龙寇厌次，平北将军、冀州刺史邵续击之，续败，没于阵。三月，慕容廆奉送玉玺三纽。闰月，以尚书周顗为尚书仆射。夏四月壬辰，枉矢流于翼轸。五月丙寅，孝怀帝太子诠遇害于平阳，帝三日哭。庚寅，地震。是月，晋王保为其将张春所害。刘曜使陈安攻春，灭之，安因叛曜。石勒将徐龛帅众来降。六月，大水。丁酉，盗杀西中郎将、护羌校尉、凉州刺史、西平公张寔，寔弟茂嗣，领平西将军、凉州刺史。
秋七月丁亥，诏曰：“先公武王、先考恭王临君琅邪四十余年，惠泽加于百姓，遗爱结于人情。朕应天符，创基江表，兆庶宅心，襁负子来。琅邪国人在此者近有千户，今立为怀德县，统丹阳郡。昔汉高祖以沛为汤沐邑，光武亦复南顿，优复之科一依汉氏故事。”祖逖部将卫策大破石勒别军于汴水。加逖为镇西将军。八月戊午，尊敬王后虞氏为敬皇后。辛酉，迁神主于太庙。辛未，梁州刺史、安南将军周访卒。皇太子释尊于太学。以湘州刺史甘卓为安南将军、梁州刺史。九月，徐龛又叛，降于石勒。冬十月丙辰，徐州刺史蔡豹以畏懦伏诛。王敦杀武陵内史向硕。
四年春二月，徐龛又帅众来降。鲜卑末波奉送皇帝信玺。庚戌，告于太庙，乃受之。癸亥，日斗。三月，置周易、仪礼、公羊博士。癸酉，以平东将军曹嶷为安东将军。夏四月辛亥，帝亲览庶狱。石勒攻厌次，陷之。抚军将军、幽州刺史段匹磾没于勒。五月，旱。庚申，诏曰：“昔汉二祖及魏武皆免良人，武帝时，凉州覆败，诸为奴婢亦皆复籍，此累代成规也。其免中州良人遭难为扬州诸郡僮客者，以备征役。”秋七月，大水。甲戌，以尚书戴若思为征西将军、都督司兖豫并冀雍六州诸军事、司州刺史，镇合肥；丹阳尹刘隗为镇北将军、都督青徐幽平四州诸军事、青州刺史，镇淮阴。壬千，以骠骑将军王导为司空。八月，常山崩。九月壬寅，镇西将军、豫州刺史祖逖卒。冬十月壬午，以逖弟侍中约为平西将军、豫州刺史。十二月，以慕容廆为持节、都督幽平二州东夷诸军事、平州牧，封辽东郡公。
永昌元年正月乙卯，大赦，改元。戊辰，大将军王敦举兵于武昌，以诛刘隗为名，龙骧将军沈充帅众应之。三月，徵征西将军戴若思、镇北将军刘隗还卫京都。以司空王导为前锋大都督，以戴若思为骠骑将军，丹阳诸郡皆加军号。加仆射周顗尚书左仆射，领军王邃尚书右仆射。以太子右卫率周筵行冠军将军，统兵三千讨沈充。甲午，封皇子昱为琅邪王。刘隗军于金城，右将军周札守石头，帝亲被甲徇六师于郊外。遣平南将军陶侃领江州，安南将军甘卓领荆州，各帅所统以蹑敦后。
四月，敦前锋攻石头，周札开城门应之，奋威将军侯礼死之。敦据石头，戴若思、刘隗帅众攻之，王导、周顗、郭逸、虞潭等三道出战，六军败绩。尚书令刁协奔于江乘，为贼所害。镇北将军刘隗奔于石勒。帝遣使谓敦曰：“公若不忘本朝，于此息兵，则天下尚可共安也。如其不然，腾当归于琅邪，以避贤路。”辛未，大赦。敦乃自为丞相、都督中外诸军、录尚书事，封武昌郡公，邑万户。丙子，骠骑将军、秣陵侯戴若思，尚书左仆射、护军将军、武城侯周顗为敦所害。敦将沈充陷吴国，魏乂陷湘州，吴国内史张茂，湘州刺史、谯王承并遇害。
五月壬申，敦以太保、西阳王羕为太宰，加司空王导尚书令。乙亥，镇南大将军甘卓为襄阳太守周虑所害。蜀贼张龙寇巴东，建平太守柳纯击走之。石勒遣骑寇河南。六月，旱。秋七月，王敦自加兖州刺史郗鉴为安北将军。石勒将石季龙攻陷太山，执守将徐龛。兖州刺史郗鉴自邹山退守合肥。八月，敦以其见含为卫将军，自领宁、益二州都督。琅邪太守孙默叛，降于石勒。
冬十月，大疫，死者十二三。己丑，都督荆梁二州诸军事、平南将军、荆州刺史、武陵侯王暠卒。辛卯，以下邳内史王邃为征北将军、都督青徐幽平四州诸军事，镇淮阴。新昌太守梁硕起兵反。京师大务，黑气蔽天，日月无光。石勒攻陷襄城、城父，遂围谯，破祖约别军，约退据寿春。十一月，以司徒荀组为太尉。己酉，太尉荀组薨。罢司徒，并丞相。闰月己丑，帝崩于内殿，时年四十七，葬建平陵，庙号中宗。
帝性简俭冲素，容纳直言，虚己待物。初镇江东，颇以酒废事，王导深以为言，帝命酌，引觞覆之，于此遂绝。有司尝奏太极殿广室施绛帐，帝曰：“汉文集上书皂囊为帷。”遂令冬施青布，夏施青綀帷帐。将拜贵人，有司请市雀钗，帝以烦费不许。所幸郑夫人衣无文彩。从母弟王暠为母立屋过制，流涕止之。然晋室遘纷，皇舆播越，天命未改，人谋叶赞。元戎屡动，不出江畿，经略区区，仅全吴楚。终于下陵上辱，忧愤告谢。恭俭之德虽充，雄武之量不足。始秦时望气者云“五百年后金陵有天子气”，故始皇东游以厌之，改其地曰秣陵，堑北山以绝其势。及孙权之称号。自谓当之。孙盛以为始皇逮于孙氏四百三十七载，考其历数，犹为未及；元帝之渡江也，乃五百二十六年，真人之应在于此矣。咸宁初，风吹太社树折，社中有青气，占者以为东莞有帝者之祥。由是徙封东莞王于琅邪，即武王也。及吴之亡，王濬实先至建邺，而皓之降款，远归玺于琅邪。天意人事，又符中兴之兆。太安之际，童谣云：“五马浮渡江，一马化为龙。”及永嘉中，岁、镇、荧惑、太白聚斗、牛之间，识者以为吴越之地当兴王者。是岁，王室沦覆，帝与西阳、汝南、南顿、彭城五王获济，而帝竟登大位焉。初，玄石图有“牛继马后”，故宣帝深忌牛氏，遂为二榼，共一口，以贮酒焉，帝先饮佳者，而以毒酒鸩其将牛金。而恭王妃夏侯氏竟通小吏牛氏而生元帝，亦有符云。
史臣曰：晋氏不虞，自中流外，五胡扛鼎，七庙隳尊，滔天方驾，则民怀其旧德者矣。昔光武以数郡加名，元皇以一州临极，岂武宣余化犹畅于琅邪，文景垂仁传芳于南顿，所谓后乎天时，先诸人事者也。驰章献号，高盖成阴，星斗呈祥，金陵表庆。陶士行拥三州之旅，郢外以安；王茂弘为分陕之计，江东可立。或高旌未拂，而遐心斯偃，回首朝阳，仰希乾栋，帝犹六让不居，七辞而不免也。布帐綀帷，详刑简化，抑扬前轨，光启中兴。古首私家不蓄甲兵，大臣不为威福，王之常制，以训股肱。中宗失驭强臣，自亡齐斧，两京胡羯，风埃相望。虽复六月之驾无闻，而鸿雁之歌方远，享国无几，哀哉！